希臘文使用動詞的字尾變化，來標示動作者的人稱與單複數，並主動、關身、被動不同語態，以及各種不同的時態及語氣，且用名詞與形容詞的字尾變化，來標示特定對象的性（陽性、陰性、中性）與單複數，並構句中的角色（主格、所有格、間接受格、直接受格、呼格）。
因此，希臘文的構句，在字序這方面，遠比中文有彈性。對中文而言，「我喜愛你」與「你喜愛我」，因著字序的不同，所呈現的語意是截然不同的，但對希臘文而言，「我（主格）－喜愛－你（直接受格）」與「你（直接受格）－喜愛－我（主格）」，兩者字序雖然不同，但語意卻完全相同，均為「我喜愛你」。而為表達強調，希臘文往往也會將欲強調的詞語置於接近句首的位置，如此一來，若在翻譯中欲保存希臘文的構句，中文往往須採用倒裝的句法來呈現，例如：
- 約1:50，「更大於這些事的，你將看見」，中文較自然的表達為「你將看見更大於這些事的」。
- 約7:23，「對我－你們苦恨」，中文較自然的表達為「你們苦恨我」。
- 約13:7，「這我啊－我正做的，你啊－你未曾知曉、此時」，中文較自然的表達為「你啊－你此時未曾知曉，這我啊－我正做的」。
- 約14:7，「我的那父－你們也將認識 」，中文較自然的表達為「你們也將認識我的那父」。
- 約17:23，「正如我、你愛了」，中文較自然的表達為「正如你愛了我」。
這些倒裝，往往會以，或－或、標示，來減低閱讀上的困難，並提醒讀者需重組，與－以及、所切割出的各單元。
不僅如此，希臘文喜用後製修飾的關係句，或後置的介系詞片語，來提供進一步的訊息。此時欲保存希臘文的構句，中文往往須用補述的句法來呈現，例如：
- 約17:24，「為的是他會目睹那我的榮耀（這你已賜我的）」，中文較自然的表達為「為的是他們會目睹這你已賜我的、那我的榮耀」。
- 約17:24，「因為你愛了我－先於世界的伊始」，中文較自然的表達為「因為先於世界的伊始，你愛了我」。
這些補述，往往會以（）或－或、標示，來凸顯這些文句的補述功能，並減低閱讀上的困難。
本譯本除大量使用倒裝與補述的手法進行翻譯外，在標點的使用上，亦有一些獨特之處，值得留意：
- 方括弧〔……〕 標示希臘文中無法確定原始經文的部分，或確定原始經文無但須保存的重要傳統。此一標示法，係跟隨UBSGNT的校勘標示。
- 專名號 以底線標示。
- 冒號： 僅用來翻譯hoti（引介從屬子句時）與hina（引介從屬字句時）。
- 引號「」 用來標示間接引句，若希臘文並無hoti或hina引介引句，之前將使用逗點（，）隔開，或直接接於之前的語句後。
- 分號； 按中文分號的標準用法，分號應僅用於對仗與對比的兩個子句之間，但在本譯本中用於標示希臘文出現分號的位置（校勘本的希臘文，使用了逗號、分號、句號，來標示句子分段的三個不同階層）。
- 破折號－ 用以標示補述或倒裝。
- 頓號、 用以標示對等連接詞連接的不同單元，或用以分割出倒裝結構中的不同單元。
- 圓括弧（……） 用以標示補述或插敘。
此外，本譯本使用斜體字，標示希臘文無，但為中文通順的需要而增添的字詞，因此當讀者對照本譯本與希臘文時，可分辨出希臘文原先使用的詞語為何，並這些詞語在構句中的功能，以及中文必須使用的量詞。
然而，前述這種模擬希臘文語序的翻譯方式，必然會造成中文讀者閱讀上的困難，因為希臘文語言本身的特性（詞語幾乎均帶有標示語法功能的後綴），其構句的想法，非常不同於由詞語順序判斷語法功能的中文。對中文而言，主詞－動詞－受詞的順序，為理解任何句子意義的根據，同時中文的語法，基本上採前置修飾的語序（ 形容詞－名詞、副詞－動詞），並且崇尚簡單的短句（中文沒有關係詞，無法建構複雜句）。當習於這種語句呈現方式的中文讀者，面對本譯本所呈現模擬希臘文的構句時，必然難以立即掌握語句的語意，此時，有兩重建議，值得讀者跟隨：
- 首先，由於本譯本係要為已有中文其他譯本的讀者，一窺希臘文運作的輔助譯本，強烈建議打開本譯本網頁的和合本，將本譯本與和合本對照地閱讀，以此方式了解本譯本所呈現的希臘文語序，在中文中應如何重組，來產生合於中文語法習慣的表達。當然，和合本所呈現的重組，不必然是希臘文語序唯一可能的理解方式，因此也建議讀者還可以參照不同的中文譯本，來看是否有其他重組的可能。
- 其次，由於希臘文詞語多帶有標示語法功能的後綴，希臘文的構句，主要不是根據特定的語序（主詞－動詞－受詞、動詞－主詞－受詞、主詞－受詞－動詞，或其他的順序），而是根據構句者所認為重要性的順序（最重要的通常放在句首）、以及構句者所認為詞語間的相關程度（最相關的盡可能放在一起），來決定詞語在語句中的順序，構句需要、但相對不重要的詞語，往往會放在句子最後（因此，本譯本中，「一直是」、「正是」常常出現在句尾）。所以，本譯本的讀者應留意句子是從哪個詞語切入的（有可能是句子表達的焦點），句子中何以用某個特定順序呈現，這些都會是一般中文譯本不會、也無法保留的訊息，而這些形式上的訊息，有時會幫助讀者留意到一些值得探討的細微差異。
（此處的規則，將隨本計畫的進行，而加以擴充增補）