原則上，本譯本期望在譯文中完全按照希臘文源語的語序進行翻譯，與此同時，中文的譯文仍然能夠達意。為達成此目標，本譯本有如下的做法：
- 格的標示：本譯本將名詞、形容詞、冠詞、代名詞不同的格均加以明確標示（見「如何標示名詞、形容詞、冠詞、代名詞不同的格？」），來確保讀者可以正確辨識這些名詞、形容詞、冠詞、代名詞在語句中的功能，即便希臘文源語的語序經常出現倒裝和錯位（對中文而言）的現象。
- 倒裝（對中文而言）的標示：本譯本假定的正常中文語序為主詞－動詞－受詞（直接與間接受詞）/補語/述部（如介系詞片語），或者主詞－受詞/補語/述部－動詞，當譯文偏離前述語序時，本譯本將以雙半形破折號「–」來標示倒裝現象，亦即「–」前後的語法單元按正常的中文語序，應前後調換，如約1:14，「那道也，肉體–成了」，正常的中文語序為「那道也成了肉體」，或如約1:26「得以回答了向他們–那約翰」，正常的中文語序為「那約翰得以回答了向他們」。
- 錯位（對中文而言）的處理：由於希臘文有性、數、格、時態、語態、語氣等字尾的標示，使得部分希臘文按語序翻譯成中文，會產生嚴重的錯位現象，使得這樣的譯文變得不可理解，此時本譯本將在改動最小的情況下，按中文可接受的語法整理出譯文，並將源語的語序以註腳的方式呈現出來，必要時也將以解釋的註腳說明其語意。
在下述的情況，為避免譯文變得難於閱讀，本譯本將遵循以下規則：
- 連接詞與質詞：希臘文部分連接詞有避句首的語法規則，且許多連接詞與質詞在希臘文源語中出現的位置，不同於中文的習慣，按源語的語序翻譯，會造成中文理解的問題，因此這些連接詞與質詞的翻譯，將按中文的習慣放置。
- 分詞的處理：見「如何翻譯希臘文的分詞子句？」，但在出現獨立所有格分詞子句時，為了提醒讀者譯文的主詞為所有格，即便所有格主詞位於分詞之後，本譯本將盡可能以「屬主詞的分詞」的語序翻譯，並在改變源語語序時以註腳標示，除非有上下文脈的考量，必須保存源語的語序。
- 不定詞的處理：見「如何翻譯希臘文的不定詞子句？」，但在出現以直接受格為不定詞的主詞時，為了提醒讀者譯文的主詞為直接受格，即便直接受格主詞位於不定詞之後，本譯本將盡可能以「以主詞去分詞」的語序翻譯，並在改變源語語序時以註腳標示，除非有上下文脈的考量，必須保存源語的語序。
- 介系詞片語的處理：希臘文介系詞均會引介特定的格的名詞或代名詞，而由於介系詞均賦予了所引介名詞或代名詞的用法，故介系詞片語中的名詞或代名詞，一律不再加上格的標示。如出現介系詞引介超過一個名詞或代名詞時，此時第一個名詞不標示格，但自第二個起均加上格的標示，或以斜體的增補文字重複之前所用的介系詞。
- 修飾特定名詞的形容詞：希臘文喜將修飾名詞的形容詞置於名詞之後，若該形容詞本身無冠詞，本譯本一律採「形容詞名詞」的順序翻譯，若該形容詞帶冠詞，則按下希臘文源語出現的順序翻譯。
- 所有格代名詞：希臘文喜將所有格代名詞置於所修飾的名詞之後，但本譯本原則上均將所有格代名詞置於所修飾的名詞之前，除非所修飾的名詞本身亦為所有格，或在對觀經文中一處置於名詞之前，另一處置於名詞之後，此時將按希臘文源語的字序翻譯。
- 當同樣的格連續出現：由於希臘文冠詞、名詞、形容詞均有格的標示，本譯本對於同一指稱對象的冠詞、名詞、形容詞僅位在最前面標示所用的格，而不會一一標示。此外，希臘文也會經常出現數個所有格串聯修飾某個名詞的情況，此時這一串的所有格僅會最後一個用「屬……的」，之前的則會用「屬……」，因此譯文將會是「屬……（屬……）屬……的」這樣的格式，來避免中文出現過多冗贅的「的」。
（此處的規則，將隨本計畫的進行，而加以擴充增補）